Penyakit busuk akar pada pepaya California disebabkan oleh jamur seperti Phytophthora palmivora yang menyerang akar, menyebabkan busuk, daun menguning, dan tanaman layu. Penyakit ini muncul akibat tanah yang terlalu lembab ataupun drainase buruk.

Penyakit bercak daun pada pepaya disebabkan oleh jamur Cercospora papayae atau Phoma caricae-papayae, yang menimbulkan bercak coklat atau hitam pada daun. Infeksi ini dapat menyebabkan daun menguning, mengering, dan rontok.

Penyakit embun tepung pada pepaya disebabkan oleh jamur Oidium caricae, yang menutupi daun dengan lapisan putih seperti tepung. Infeksi ini dapat menghambat fotosintesis, menyebabkan daun menguning, mengering, dan akhirnya rontok.

Penyakit busuk bakteri pada pepaya disebabkan oleh Erwinia Papayae, yang menyerang batang, buah, dan akar. Gejalanya meliputi jaringan yang melunak, berair, berbau busuk, serta pembusukan cepat pada bagian tanaman yang terinfeksi.

Penyakit bercak cincin pada pepaya disebabkan oleh Papaya ringspot virus (PRSV), yang ditularkan oleh kutu daun. Gejalanya berupa bercak berbentuk cincin pada daun, batang, dan buah, serta pertumbuhan tanaman yang terhambat.

Penyakit mosaik pepaya disebabkan oleh Papaya Mosaic Virus (PapMV), yang menyerang daun dan menyebabkan perubahan warna menjadi belang hijau tua dan muda. Gejala lain termasuk daun yang mengeriting dan pertumbuhan terhambat

Penyakit busuk buah pada pepaya dapat disebabkan oleh infeksi jamur seperti Colletotrichum gloeosporioides. Gejalanya meliputi bercak basah pada buah yang membesar, berubah warna menjadi coklat atau hitam, dan akhirnya membusuk.

Busuk hitam yang disebabkan oleh jamur Rhizopus stolonifer sering terjadi pada buah pepaya yang terluka atau sudah matang. Infeksi ini menyebabkan buah menjadi lembek, berlendir, dan ditutupi miselium putih dengan bintik hitam berupa spora jamur.